Bromine in PDB 8skq: Rna Oligonucleotide Containing An Alpha-(L)-Threofuranosyl Nucleic Acid (Tna)

The structure of Rna Oligonucleotide Containing An Alpha-(L)-Threofuranosyl Nucleic Acid (Tna), PDB code: 8skq was solved by J.M.Harp, M.Egli, with X-Ray Crystallography technique. A brief refinement statistics is given in the table below:

Resolution Low / High (Å)	19.89 / 1.35
Space group	C 1 2 1
Cell size a, b, c (Å), α, β, γ (°)	32.659, 39.775, 25.728, 90, 107.85, 90
R / Rfree (%)	24 / 27.1

The binding sites of Bromine atom in the Rna Oligonucleotide Containing An Alpha-(L)-Threofuranosyl Nucleic Acid (Tna) (pdb code 8skq). This binding sites where shown within 5.0 Angstroms radius around Bromine atom.
In total 6 binding sites of Bromine where determined in the Rna Oligonucleotide Containing An Alpha-(L)-Threofuranosyl Nucleic Acid (Tna), PDB code: 8skq:
Jump to Bromine binding site number: 1; 2; 3; 4; 5; 6;

Bromine binding site 1 out of 6 in the Rna Oligonucleotide Containing An Alpha-(L)-Threofuranosyl Nucleic Acid (Tna)


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Bromine with other atoms in the Br binding site number 1 of Rna Oligonucleotide Containing An Alpha-(L)-Threofuranosyl Nucleic Acid (Tna) within 5.0Å range: probe atom residue distance (Å) B Occ A:Br1 b:34.7 occ:0.25 BR A:A1 0.0 34.7 0.2 C5 A:A1 1.7 13.1 0.2 C5 A:A1 1.8 9.8 0.2 N7 A:A1 1.9 13.7 0.2 C6 A:A1 2.2 12.9 0.2 C8 A:A1 2.2 13.1 0.2 N7 A:A1 2.7 21.1 0.2 C4 A:A1 2.7 13.9 0.2 N4 A:A1 2.7 25.7 0.2 OP2 A:A1 2.8 29.2 0.2 C6 A:A1 2.9 9.1 0.2 C4 A:A1 3.0 17.3 0.2 C8 A:A1 3.0 14.5 0.2 C5 A:A1 3.3 14.5 0.2 C5 A:A0 3.3 16.3 0.2 N7 A:A0 3.4 7.6 0.2 P A:A1 3.5 36.2 0.2 N9 A:A1 3.5 10.8 0.2 N9 A:A0 3.5 19.6 0.2 C4 A:A0 3.5 14.6 0.2 N1 A:A1 3.5 20.3 0.2 C8 A:A0 3.5 12.9 0.2 O4 A:A1 3.5 24.4 0.2 C5 A:A0 3.5 16.5 0.2 N7 A:A0 3.6 27.8 0.2 C5 A:A0 3.6 15.0 0.2 C6 A:A0 3.6 11.7 0.2 C8 A:A0 3.7 10.3 0.2 OP1 A:A0 3.7 32.5 0.2 C4 A:A0 3.7 14.7 0.2 C2' A:A0 3.7 11.4 0.2 C3' A:A0 3.7 13.0 0.2 O5' A:A1 3.8 17.1 0.2 OP2 A:A1 3.8 11.7 0.2 O5' A:A1 3.9 13.4 0.2 C5 A:A0 3.9 19.5 0.2 N7 A:A0 3.9 16.4 0.2 C5 A:A1 4.0 17.9 0.2 C4 A:A0 4.0 8.7 0.2 N9 A:A0 4.0 16.5 0.2 N3 A:A1 4.0 22.9 0.2 C4 A:A1 4.0 13.2 0.2 OP2 A:A1 4.0 22.4 0.2 N3 A:A1 4.0 12.7 0.2 N1 A:A1 4.1 14.8 0.2 N3 A:A0 4.1 15.9 0.2 C6 A:A0 4.2 19.6 0.2 N4 A:A0 4.2 15.0 0.2 N1 A:A0 4.2 16.1 0.2 C4 A:A0 4.2 16.6 0.2 C6 A:A0 4.2 19.2 0.2 C1' A:A0 4.2 18.3 0.2 C6 A:A0 4.2 16.0 0.2 O5' A:A0 4.2 19.1 0.2 C8 A:A0 4.3 19.8 0.2 BR A:U2 4.3 29.9 0.2 O4' A:A1 4.3 19.1 0.2 O5' A:A1 4.3 22.4 0.2 C6 A:A1 4.3 20.5 0.2 N3 A:A0 4.3 15.8 0.2 N9 A:A1 4.3 16.9 0.2 C2 A:A1 4.3 13.8 0.2 O3' A:A0 4.4 12.5 0.2 N9 A:A0 4.5 17.6 0.2 O6 A:A1 4.5 17.7 0.2 C3' A:A0 4.5 10.5 0.2 O5' A:A1 4.5 26.7 0.2 C2' A:A0 4.5 12.9 0.2 O4' A:A1 4.5 14.8 0.2 O A:HOH107 4.5 38.4 1.0 C1' A:A1 4.5 18.1 0.2 C2 A:A0 4.5 15.3 0.2 P A:A1 4.6 8.9 0.2 N6 A:A0 4.6 16.8 0.2 C2 A:A1 4.6 12.5 0.2 P A:A0 4.6 47.5 0.2 N6 A:A0 4.6 13.9 0.2 C1' A:A1 4.6 13.6 0.2 C2 A:A0 4.6 16.3 0.2 N1 A:A0 4.7 20.4 0.2 C3' A:A0 4.7 13.6 0.2 C3' A:A0 4.7 9.2 0.2 P A:A1 4.8 11.6 0.2 N1 A:A0 4.8 15.5 0.2 N3 A:A0 4.8 8.3 0.2 C4 A:A1 4.8 18.0 0.2 C5 A:U2 4.8 16.4 0.2 N3 A:A0 4.8 14.3 0.2 N6 A:A1 4.8 27.4 0.2 O6 A:A0 4.9 20.0 0.2 C6 A:A1 4.9 19.6 0.2 C2' A:A0 4.9 16.8 0.2 C5' A:A1 4.9 18.3 0.2 C1' A:A0 4.9 12.0 0.2 C2' A:A0 4.9 17.0 0.2 C5M A:U2 4.9 15.7 0.2 N1 A:A0 4.9 16.8 0.2 C5' A:A1 4.9 15.9 0.2 C4' A:A0 4.9 21.8 0.2 O4' A:A0 4.9 24.3 0.2 OP1 A:A1 4.9 37.2 0.2 O2' A:A0 5.0 18.0 0.2

Bromine binding site 2 out of 6 in the Rna Oligonucleotide Containing An Alpha-(L)-Threofuranosyl Nucleic Acid (Tna)


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Bromine with other atoms in the Br binding site number 2 of Rna Oligonucleotide Containing An Alpha-(L)-Threofuranosyl Nucleic Acid (Tna) within 5.0Å range: probe atom residue distance (Å) B Occ A:Br2 b:29.9 occ:0.25 BR A:U2 0.0 29.9 0.2 C5M A:U2 1.4 15.7 0.2 C5 A:U2 1.7 16.4 0.2 C5 A:U2 1.9 14.4 0.2 C6 A:U2 1.9 16.4 0.2 C5 A:U2 2.5 29.6 0.2 C4 A:U2 2.6 29.6 0.2 C5 A:U2 2.6 20.6 0.2 C4 A:U2 2.9 24.8 0.2 C6 A:U2 2.9 19.1 0.2 N4 A:U2 2.9 14.6 0.2 C6 A:U2 3.0 34.8 0.2 C6 A:U2 3.0 19.5 0.2 C4 A:U2 3.0 14.7 0.2 N7 A:U2 3.0 25.9 0.2 N3 A:U2 3.1 23.4 0.2 N9 A:U2 3.1 27.6 0.2 O3P A:U2 3.1 15.7 0.2 N1 A:U2 3.3 16.6 0.2 C8 A:U2 3.3 30.4 0.2 N1 A:U2 3.3 11.9 0.2 C2 A:U2 3.3 19.9 0.2 O5' A:U2 3.3 17.9 0.2 OP2 A:U2 3.4 27.9 0.2 C4 A:A1 3.5 13.9 0.2 C5 A:A1 3.5 9.8 0.2 C6 A:A1 3.6 12.9 0.2 C5 A:A1 3.6 13.1 0.2 N3 A:A1 3.7 12.7 0.2 O6 A:U2 3.7 35.4 0.2 C6 A:A1 3.7 9.1 0.2 O4 A:U2 3.8 18.7 0.2 C4 A:U2 3.8 16.3 0.2 C5 A:A1 3.8 14.5 0.2 O4' A:U2 3.8 20.0 0.2 N1 A:A1 3.9 20.3 0.2 C4 A:A1 3.9 17.3 0.2 N7 A:A1 3.9 13.7 0.2 C4 A:A1 3.9 13.2 0.2 O4' A:U2 3.9 24.9 0.2 C3' A:A1 3.9 14.6 0.2 C5M A:TFT3 3.9 12.2 0.2 N4 A:A1 3.9 25.7 0.2 C2 A:A1 3.9 12.5 0.2 N1 A:A1 4.0 14.8 0.2 N3 A:U2 4.0 16.0 0.2 P A:U2 4.0 21.4 0.2 N4 A:TFT3 4.0 16.6 0.2 N7 A:A1 4.0 21.1 0.2 O5' A:U2 4.0 20.3 0.2 C8 A:A1 4.0 13.1 0.2 N9 A:A1 4.1 10.8 0.2 C1' A:U2 4.1 24.9 0.2 C3' A:A1 4.1 7.3 0.2 C2 A:U2 4.1 14.2 0.2 C5 A:A1 4.1 17.9 0.2 O4 A:U2 4.1 15.4 0.2 C8 A:A1 4.2 14.5 0.2 P A:U2 4.2 11.1 0.2 O5' A:U2 4.2 17.2 0.2 C1' A:U2 4.2 19.9 0.2 N3 A:A1 4.2 22.9 0.2 N3 A:U2 4.2 16.3 0.2 N1 A:U2 4.2 20.5 0.2 C2 A:A1 4.2 13.8 0.2 BR A:A1 4.3 34.7 0.2 C2' A:A1 4.3 7.7 0.2 OP2 A:U2 4.3 18.3 0.2 C3' A:A1 4.3 16.9 0.2 C6 A:A1 4.3 20.5 0.2 C2' A:A1 4.3 19.4 0.2 O3T A:U2 4.3 24.1 0.2 N2 A:U2 4.4 32.4 0.2 C4 A:A1 4.4 18.0 0.2 N9 A:A1 4.4 16.9 0.2 N1 A:U2 4.4 26.2 0.2 OP2 A:A1 4.5 29.2 0.2 C5' A:U2 4.5 25.8 0.2 N3 A:A1 4.5 13.8 0.2 O4 A:A1 4.5 24.4 0.2 C4 A:TFT3 4.6 22.8 0.2 O3' A:A1 4.6 18.1 0.2 C5 A:TFT3 4.6 23.9 0.2 C2' A:A1 4.6 16.2 0.2 C1' A:A1 4.6 18.1 0.2 O5' A:A1 4.7 17.1 0.2 O3' A:A1 4.7 7.8 0.2 C6 A:A1 4.7 19.6 0.2 O2 A:A1 4.7 20.4 0.2 C2 A:U2 4.7 18.0 0.2 O3' A:A1 4.7 16.2 0.2 C3' A:A1 4.7 15.9 0.2 N1 A:A1 4.8 13.7 0.2 C2' A:A1 4.8 10.4 0.2 C1' A:A1 4.8 13.6 0.2 C4' A:U2 4.8 14.4 0.2 C2 A:A1 4.8 8.8 0.2 O6 A:A1 4.8 17.7 0.2 C5 A:TFT3 4.8 17.1 0.2 C1' A:A1 4.9 13.8 0.2 P A:U2 4.9 21.1 0.2 C4' A:A1 4.9 10.1 0.2 N3 A:U2 5.0 16.5 0.2

Bromine binding site 3 out of 6 in the Rna Oligonucleotide Containing An Alpha-(L)-Threofuranosyl Nucleic Acid (Tna)


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Bromine with other atoms in the Br binding site number 3 of Rna Oligonucleotide Containing An Alpha-(L)-Threofuranosyl Nucleic Acid (Tna) within 5.0Å range: probe atom residue distance (Å) B Occ A:Br5 b:32.4 occ:0.25 BR A:G5 0.0 32.4 0.2 C5 A:G5 0.9 21.5 0.2 N7 A:G5 1.6 17.1 0.2 C6 A:G5 1.9 22.0 0.2 C5 A:G5 1.9 11.7 0.2 N7 A:G5 2.0 11.1 0.2 C4 A:G5 2.1 20.1 0.2 C8 A:G5 2.3 8.9 0.2 C8 A:G5 2.3 23.2 0.2 O4 A:G5 2.7 21.6 0.2 C5 A:G5 2.8 17.5 0.2 C6 A:G5 2.9 13.3 0.2 C4 A:G5 2.9 13.5 0.2 OP1 A:G5 3.0 34.4 0.2 N4 A:G5 3.1 13.5 0.2 N1 A:G5 3.1 19.8 0.2 N3 A:G5 3.2 20.6 0.2 C5 A:G5 3.3 15.4 0.2 C4 A:C4 3.4 14.5 0.2 N7 A:C4 3.5 21.1 0.2 N3 A:C4 3.5 13.9 0.2 N9 A:G5 3.6 13.5 0.2 N9 A:G5 3.6 13.1 0.2 C5 A:C4 3.6 30.5 0.2 OP2 A:G5 3.7 11.2 0.2 C6 A:G5 3.7 26.0 0.2 N6 A:G5 3.7 16.7 0.2 C5 A:C4 3.7 16.9 0.2 N9 A:C4 3.7 15.9 0.2 C2 A:G5 3.7 8.4 0.2 N7 A:C4 3.7 11.3 0.2 C8 A:C4 3.7 13.2 0.2 C5 A:C4 3.8 14.2 0.2 C2' A:C4 3.8 16.7 0.2 C4 A:G5 3.8 21.8 0.2 P A:G5 3.9 25.3 0.2 C2 A:C4 3.9 14.9 0.2 C5 A:C4 3.9 20.9 0.2 C4 A:C4 4.0 9.3 0.2 C8 A:C4 4.0 15.6 0.2 O5' A:G5 4.0 20.5 0.2 O5' A:G5 4.1 14.1 0.2 C6 A:C4 4.1 24.4 0.2 C4 A:C4 4.1 22.5 0.2 C8 A:C4 4.1 34.3 0.2 C4 A:G5 4.1 9.0 0.2 C6 A:C4 4.1 16.1 0.2 OP2 A:C4 4.1 29.5 0.2 N9 A:C4 4.2 19.8 0.2 N7 A:C4 4.2 32.4 0.2 C5M A:CBV6 4.2 6.0 0.2 N9 A:C4 4.2 10.1 0.2 N1 A:C4 4.2 27.7 0.2 C4 A:C4 4.2 13.3 0.2 N3 A:G5 4.2 13.2 0.2 O5' A:G5 4.2 15.7 0.2 N1 A:G5 4.2 14.5 0.2 C6 A:C4 4.2 19.4 0.2 OP2 A:G5 4.3 12.9 0.2 O5' A:G5 4.3 14.0 0.2 C6 A:G5 4.3 17.0 0.2 C1' A:G5 4.3 13.5 0.2 O4' A:G5 4.3 16.4 0.2 C1' A:C4 4.3 16.6 0.2 C3' A:C4 4.3 14.0 0.2 C6 A:C4 4.4 18.4 0.2 N4 A:C4 4.4 17.6 0.2 O6 A:G5 4.5 16.2 0.2 N3 A:C4 4.5 16.8 0.2 C3' A:C4 4.5 11.1 0.2 BR A:CBV6 4.6 74.5 0.2 N6 A:C4 4.6 8.3 0.2 P A:G5 4.6 12.9 0.2 C5 A:CBV6 4.6 8.7 0.2 N3 A:C4 4.6 11.4 0.2 N1 A:C4 4.7 13.9 0.2 O6 A:C4 4.7 20.7 0.2 O4' A:G5 4.7 12.5 0.2 N1 A:C4 4.7 8.8 0.2 C2 A:G5 4.7 10.5 0.2 C2' A:C4 4.7 13.8 0.2 C2' A:C4 4.7 16.7 0.2 C1' A:G5 4.8 13.4 0.2 C3' A:C4 4.8 6.7 0.2 N4 A:CBV6 4.8 34.5 0.2 C2 A:C4 4.8 16.6 0.2 P A:G5 4.8 6.2 0.2 C2 A:C4 4.8 7.5 0.2 C1' A:G5 4.9 8.2 0.2 O2' A:C4 4.9 17.7 0.2 N6 A:C4 4.9 18.3 0.2 O2 A:G5 4.9 19.6 0.2 N1 A:G5 4.9 20.1 0.2 O4' A:G5 5.0 21.6 0.2

Bromine binding site 4 out of 6 in the Rna Oligonucleotide Containing An Alpha-(L)-Threofuranosyl Nucleic Acid (Tna)


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Bromine with other atoms in the Br binding site number 4 of Rna Oligonucleotide Containing An Alpha-(L)-Threofuranosyl Nucleic Acid (Tna) within 5.0Å range: probe atom residue distance (Å) B Occ A:Br6 b:74.5 occ:0.25 BR A:CBV6 0.0 74.5 0.2 C5M A:CBV6 1.6 6.0 0.2 OP2 A:CBV6 1.7 18.5 0.2 C5 A:CBV6 1.9 22.0 0.2 OP2 A:CBV6 1.9 25.1 0.2 OP2 A:CBV6 2.8 27.5 0.2 C4 A:CBV6 2.8 21.7 0.2 C6 A:CBV6 2.8 14.0 0.2 C6 A:CBV6 2.9 17.8 0.2 C5 A:CBV6 2.9 15.2 0.2 O5' A:CBV6 2.9 12.6 0.2 P A:CBV6 2.9 21.4 0.2 N4 A:CBV6 2.9 34.5 0.2 C5 A:CBV6 3.0 8.7 0.2 P A:CBV6 3.2 11.5 0.2 C6 A:CBV6 3.3 15.6 0.2 C3' A:G5 3.5 20.8 0.2 C3' A:G5 3.6 14.8 0.2 O3' A:G5 3.8 19.7 0.2 O3' A:G5 3.8 18.5 0.2 C3' A:G5 3.8 14.7 0.2 O5' A:CBV6 3.8 18.9 0.2 C8 A:G5 3.8 23.2 0.2 C2' A:G5 3.9 14.8 0.2 N7 A:CBV6 3.9 12.7 0.2 O5' A:G5 3.9 20.5 0.2 C3' A:G5 3.9 19.2 0.2 P A:CBV6 4.0 33.6 0.2 O5' A:CBV6 4.0 25.6 0.2 O3' A:G5 4.0 15.6 0.2 O3T A:CBV6 4.0 32.1 0.2 N7 A:G5 4.1 17.1 0.2 C4 A:CBV6 4.1 12.3 0.2 O4' A:CBV6 4.1 20.2 0.2 N1 A:CBV6 4.1 18.4 0.2 O3' A:G5 4.1 24.8 0.2 N3 A:CBV6 4.2 29.4 0.2 OP1 A:CBV6 4.2 25.0 0.2 C6 A:G5 4.2 13.3 0.2 N1 A:CBV6 4.2 20.8 0.2 C5' A:CBV6 4.2 27.0 0.2 C5 A:G5 4.3 11.7 0.2 C8 A:CBV6 4.3 24.4 0.2 C2' A:G5 4.3 11.0 0.2 OP1 A:CBV6 4.3 12.3 0.2 O5' A:G5 4.3 14.0 0.2 C8 A:G5 4.4 8.9 0.2 C6 A:G5 4.4 22.0 0.2 C2' A:G5 4.4 8.4 0.2 N9 A:G5 4.4 13.1 0.2 N9 A:G5 4.4 13.5 0.2 C4 A:CBV6 4.4 15.8 0.2 OP1 A:G5 4.4 34.4 0.2 C5M A:G7 4.5 12.8 0.2 O4 A:CBV6 4.5 16.1 0.2 C5 A:G5 4.6 21.5 0.2 N1 A:G5 4.6 19.8 0.2 BR A:G5 4.6 32.4 0.2 O5' A:G5 4.6 15.7 0.2 C2' A:G5 4.7 10.8 0.2 C4' A:CBV6 4.7 21.6 0.2 C2 A:CBV6 4.7 22.8 0.2 N1 A:G5 4.7 14.5 0.2 N7 A:G5 4.7 11.1 0.2 N1 A:CBV6 4.7 20.1 0.2 C1' A:G5 4.7 13.4 0.2 C4' A:G5 4.7 19.3 0.2 C1' A:CBV6 4.8 18.2 0.2 C5 A:G5 4.8 17.5 0.2 C5' A:G5 4.8 19.5 0.2 C4' A:G5 4.8 17.0 0.2 C4 A:G5 4.8 9.0 0.2 C4 A:G5 4.8 13.5 0.2 P A:G5 4.9 25.3 0.2 C2 A:G5 4.9 8.4 0.2 C4 A:G5 4.9 20.1 0.2 O5' A:G5 4.9 14.1 0.2 C5 A:G5 5.0 15.4 0.2 C4 A:G5 5.0 21.8 0.2 N3 A:G5 5.0 20.6 0.2 C1' A:G5 5.0 8.2 0.2 C4' A:G5 5.0 13.9 0.2 C1' A:G5 5.0 13.5 0.2

Bromine binding site 5 out of 6 in the Rna Oligonucleotide Containing An Alpha-(L)-Threofuranosyl Nucleic Acid (Tna)


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Bromine with other atoms in the Br binding site number 5 of Rna Oligonucleotide Containing An Alpha-(L)-Threofuranosyl Nucleic Acid (Tna) within 5.0Å range: probe atom residue distance (Å) B Occ A:Br9 b:45.4 occ:0.25 BR A:A9 0.0 45.4 0.2 C5 A:A9 1.3 21.8 0.2 N7 A:A9 1.5 16.0 0.2 C5 A:A9 1.9 15.1 0.2 C6 A:A9 2.0 13.4 0.2 N7 A:A9 2.0 12.3 0.2 C8 A:A9 2.1 17.6 0.2 C8 A:A9 2.5 11.6 0.2 C4 A:A9 2.5 20.2 0.2 C5 A:A9 2.8 19.8 0.2 C4 A:A9 2.9 14.7 0.2 C6 A:A9 2.9 16.6 0.2 N4 A:A9 3.0 15.4 0.2 O4 A:A9 3.1 27.4 0.2 N1 A:A9 3.3 14.7 0.2 C5 A:A9 3.3 13.0 0.2 N9 A:A9 3.4 14.6 0.2 OP2 A:A9 3.5 11.9 0.2 N3 A:A9 3.5 21.8 0.2 C5 A:A8 3.6 21.3 0.2 C5 A:A8 3.6 20.1 0.2 C4 A:A8 3.6 12.3 0.2 N7 A:A8 3.6 11.7 0.2 N7 A:A8 3.7 32.7 0.2 C4 A:A8 3.7 17.4 0.2 C6 A:A9 3.7 25.4 0.2 C4 A:A9 3.7 18.1 0.2 C5 A:A8 3.8 12.4 0.2 C8 A:A8 3.8 27.2 0.2 N6 A:A9 3.8 20.5 0.2 N9 A:A9 3.8 11.6 0.2 N9 A:A8 3.8 19.4 0.2 C8 A:A8 3.8 17.2 0.2 O5' A:A9 3.9 11.9 0.2 C5 A:A8 3.9 15.7 0.2 N4 A:A8 3.9 21.1 0.2 C5M A:U10 3.9 24.2 0.2 C2 A:A9 3.9 8.2 0.2 N7 A:A8 4.0 11.6 0.2 C6 A:A8 4.0 14.1 0.2 C6 A:A8 4.1 20.5 0.2 BR A:U10 4.1 32.4 0.2 C4 A:A8 4.1 12.7 0.2 N3 A:A8 4.1 23.1 0.2 N9 A:A8 4.2 14.7 0.2 C6 A:A8 4.2 14.8 0.2 C3' A:A8 4.2 12.1 0.2 N3 A:A9 4.2 18.1 0.2 C4 A:A8 4.2 17.4 0.2 C4 A:A9 4.2 11.0 0.2 OP2 A:A9 4.2 7.3 0.2 C6 A:A9 4.2 23.6 0.2 N1 A:A9 4.2 19.5 0.2 C2' A:A8 4.2 14.4 0.2 N3 A:A8 4.3 17.2 0.2 O6 A:A9 4.3 18.8 0.2 C6 A:A8 4.3 16.7 0.2 P A:A9 4.4 9.9 0.2 C8 A:A8 4.4 18.2 0.2 O5' A:A9 4.4 14.6 0.2 O4' A:A9 4.4 14.6 0.2 C1' A:A9 4.4 15.2 0.2 C3' A:A8 4.4 9.3 0.2 O A:HOH101 4.5 38.6 1.0 N1 A:A8 4.5 15.5 0.2 O5' A:A9 4.5 10.1 0.2 N9 A:A8 4.5 13.5 0.2 C2 A:A8 4.5 19.1 0.2 O6 A:A8 4.5 16.2 0.2 N1 A:A8 4.5 18.4 0.2 C2 A:A8 4.6 17.9 0.2 C5 A:U10 4.6 18.8 0.2 C1' A:A8 4.6 20.8 0.2 N6 A:A8 4.6 22.8 0.2 C2' A:A8 4.6 10.5 0.2 N1 A:A8 4.7 15.1 0.2 O6 A:U10 4.7 17.6 0.2 C1' A:A9 4.7 10.9 0.2 N6 A:A8 4.7 12.6 0.2 C2 A:A9 4.7 11.5 0.2 C5 A:U10 4.7 9.2 0.2 OP1 A:A9 4.8 25.6 0.2 O3' A:A8 4.8 16.1 0.2 O5' A:A9 4.8 34.9 0.2 N3 A:A8 4.8 10.6 0.2 N7 A:U10 4.8 20.5 0.2 O4' A:A9 4.8 22.1 0.2 C3' A:A9 4.8 10.9 0.2 N3 A:A8 4.9 17.7 0.2 C3' A:A8 4.9 9.1 0.2 C2 A:A8 4.9 9.2 0.2 C2' A:A8 4.9 13.2 0.2 N1 A:A9 5.0 22.7 0.2 N1 A:A8 5.0 18.1 0.2 C5' A:A9 5.0 7.7 0.2 O5' A:A8 5.0 13.8 0.2

Bromine binding site 6 out of 6 in the Rna Oligonucleotide Containing An Alpha-(L)-Threofuranosyl Nucleic Acid (Tna)


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Bromine with other atoms in the Br binding site number 6 of Rna Oligonucleotide Containing An Alpha-(L)-Threofuranosyl Nucleic Acid (Tna) within 5.0Å range: probe atom residue distance (Å) B Occ A:Br10 b:32.4 occ:0.25 BR A:U10 0.0 32.4 0.2 N7 A:U10 1.4 20.5 0.2 C5M A:U10 1.6 24.2 0.2 C6 A:U10 1.6 16.7 0.2 C5 A:U10 1.6 9.2 0.2 C5 A:U10 1.9 18.8 0.2 C5 A:U10 1.9 13.9 0.2 C6 A:U10 2.3 23.6 0.2 C5 A:U10 2.4 24.3 0.2 C8 A:U10 2.4 24.5 0.2 C4 A:U10 2.9 20.5 0.2 C6 A:U10 2.9 20.8 0.2 C4 A:U10 3.0 17.5 0.2 N1 A:U10 3.0 17.1 0.2 OP2 A:U10 3.0 14.8 0.2 N4 A:U10 3.0 20.7 0.2 O6 A:U10 3.0 17.6 0.2 C6 A:U10 3.0 17.9 0.2 O3T A:U10 3.1 16.6 0.2 C4 A:U10 3.2 20.4 0.2 C5 A:A9 3.4 15.1 0.2 N7 A:A9 3.5 16.0 0.2 N9 A:U10 3.6 13.2 0.2 C4 A:U10 3.6 18.0 0.2 N1 A:U10 3.6 20.2 0.2 OP2 A:U10 3.6 19.5 0.2 C4 A:A9 3.7 14.7 0.2 C8 A:A9 3.7 17.6 0.2 C6 A:A9 3.7 16.6 0.2 C3' A:A9 3.7 10.9 0.2 O4 A:U10 3.7 25.3 0.2 O5' A:U10 3.7 13.3 0.2 N7 A:A9 3.7 12.3 0.2 C5 A:A9 3.8 13.0 0.2 C8 A:A9 3.8 11.6 0.2 C1T A:U10 3.8 11.9 0.2 C2 A:U10 3.8 20.6 0.2 N3 A:U10 3.8 12.9 0.2 O4 A:U10 3.8 16.7 0.2 C5M A:TFT11 3.9 15.2 0.2 C5 A:A9 3.9 19.8 0.2 C6 A:A9 3.9 13.4 0.2 C4 A:A9 3.9 11.0 0.2 C2' A:A9 3.9 16.0 0.2 N1 A:A9 4.0 14.7 0.2 P A:U10 4.0 15.0 0.2 N9 A:A9 4.0 11.6 0.2 P A:U10 4.0 12.6 0.2 OP2 A:U10 4.0 28.8 0.2 C5 A:A9 4.0 21.8 0.2 O4T A:U10 4.0 12.1 0.2 C2T A:U10 4.0 20.2 0.2 C2 A:A9 4.0 8.2 0.2 N3 A:A9 4.1 21.8 0.2 N3 A:A9 4.1 18.1 0.2 N1 A:A9 4.1 19.5 0.2 BR A:A9 4.1 45.4 0.2 O5' A:U10 4.1 12.8 0.2 C4 A:A9 4.1 20.2 0.2 O3' A:A9 4.1 13.7 0.2 C3T A:U10 4.1 23.3 0.2 N9 A:A9 4.1 14.6 0.2 N4 A:A9 4.1 15.4 0.2 C2' A:A9 4.1 11.2 0.2 C3' A:A9 4.2 13.6 0.2 N3 A:U10 4.2 10.8 0.2 N3 A:U10 4.2 14.0 0.2 N6 A:TFT11 4.2 25.3 0.2 C3' A:A9 4.2 16.6 0.2 C4 A:A9 4.2 18.1 0.2 C2 A:A9 4.3 11.5 0.2 N1 A:U10 4.3 11.6 0.2 O4' A:U10 4.4 17.0 0.2 N1 A:U10 4.4 18.0 0.2 C6 A:A9 4.4 23.6 0.2 C2 A:U10 4.4 16.9 0.2 C2' A:A9 4.5 15.2 0.2 C6 A:A9 4.5 25.4 0.2 C3' A:A9 4.6 15.7 0.2 C1' A:A9 4.6 15.2 0.2 C1' A:U10 4.6 16.9 0.2 O2 A:A9 4.6 12.8 0.2 N3 A:A9 4.6 16.7 0.2 O3' A:A9 4.6 15.0 0.2 O5' A:U10 4.6 13.5 0.2 C6 A:TFT11 4.7 24.6 0.2 C1' A:A9 4.7 13.0 0.2 O4 A:A9 4.7 27.4 0.2 C2' A:A9 4.7 15.4 0.2 O3' A:A9 4.8 12.6 0.2 C2 A:U10 4.8 20.2 0.2 C4T A:U10 4.8 12.5 0.2 O5' A:A9 4.8 14.6 0.2 N3 A:U10 4.8 17.8 0.2 P A:U10 4.9 20.9 0.2 C5' A:U10 4.9 24.0 0.2 N6 A:A9 4.9 20.5 0.2 C1' A:U10 4.9 10.6 0.2 O6 A:A9 4.9 18.8 0.2 C1' A:A9 4.9 10.9 0.2 N1 A:A9 4.9 9.0 0.2 O5' A:A9 5.0 11.9 0.2 C1' A:A9 5.0 14.6 0.2 C5 A:TFT11 5.0 20.3 0.2

S.Matsuda, S.Bala, J.Y.Liao, D.Datta, A.Mikami, L.Woods, J.M.Harp, J.A.Gilbert, A.Bisbe, R.M.Manoharan, M.Kim, C.S.Theile, D.C.Guenther, Y.Jiang, S.Agarwal, R.Maganti, M.K.Schlegel, I.Zlatev, K.Charisse, K.G.Rajeev, A.Castoreno, M.Maier, M.M.Janas, M.Egli, J.C.Chaput, M.Manoharan. Shorter Is Better: the Alpha-(L)-Threofuranosyl Nucleic Acid Modification Improves Stability, Potency, Safety, and AGO2 Binding and Mitigates Off-Target Effects of Small Interfering Rnas. J.Am.Chem.Soc. V. 145 19691 2023.
ISSN: ESSN 1520-5126
PubMed: 37638886
DOI: 10.1021/JACS.3C04744