Bromine in the structure of Structure of A Two-G-Tetrad Basket-Type Intramolecular G- Quadruplex Formed By Human Telomeric Repeats in K+ Solution (With G7-to-Brg Substitution) (pdb 2kf7)

The binding sites of Bromine atom in the structure of Structure of A Two-G-Tetrad Basket-Type Intramolecular G- Quadruplex Formed By Human Telomeric Repeats in K+ Solution (With G7-to-Brg Substitution) (pdb code 2kf7). This binding sites where shown with 5.0 Angstroms radius around Bromine atom. The 2kf7 structure was solved by K.W.LIM, S.AMRANE, S.BOUAZIZ, W.XU, Y.MU, D.J.PATEL, K.N.LUU, A.T.PHAN, with NMR in Solution technique. Bromine Binding Sites: Bromine binding site 1 out of 1 in 2kf7 Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 1 of Bromine in the PDB 2kf7. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Bromine atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Dg2, A: Dt4, A: Da6, A: Bgm7, A: Dg8, A: Dg2, A: Da6, A: Bgm7, A: Dg8, A: Dg9, A: Dg2, A: Da6, A: Bgm7, A: Dg8, A: Dg2, A: Bgm7, A: Dg8, A: Dg9, A: Dg2, A: Dt4, A: Da6, A: Bgm7, A: Dg8, A: Dg2, A: Da6, A: Bgm7, A: Dg8, A: Dg2, A: Da6, A: Bgm7, A: Dg8, A: Dg9, A: Dg2, A: Dt4, A: Da6, A: Bgm7, A: Dg8, A: Dg2, A: Da6, A: Bgm7, A: Dg8, A: Dg2, A: Da6, A: Bgm7, A: Dg8, A: Dg9, conact list: Atom Atom Distance (A) Br N2 A:Dg2 4.31 Br H21 A:Dg2 3.92 Br H22 A:Dg2 3.89 Br N3 A:Dt4 4.69 Br H72 A:Dt4 4.55 Br H3 A:Dt4 4.87 Br C5 A:Dt4 4.57 Br H71 A:Dt4 4.55 Br C4 A:Dt4 4.23 Br O4 A:Dt4 4.11 Br C7 A:Dt4 4.81 Br N3 A:Da6 4.11 Br C2 A:Da6 3.62 Br C6 A:Da6 4.44 Br C5 A:Da6 4.86 Br H2 A:Da6 3.59 Br C4 A:Da6 4.66 Br N1 A:Da6 3.79 Br N9 A:Bgm7 2.90 Br H2' A:Bgm7 4.38 Br C8 A:Bgm7 1.88 Br C5 A:Bgm7 3.97 Br C4 A:Bgm7 4.03 Br H1' A:Bgm7 2.84 Br C1' A:Bgm7 3.39 Br N7 A:Bgm7 2.82 Br O4' A:Bgm7 4.37 Br C2' A:Bgm7 4.50 Br BR A:Bgm7 0.00 Br H5' A:Dg8 4.50 Br N9 A:Dg8 4.20 Br N3 A:Dg8 4.03 Br C2 A:Dg8 4.78 Br C4 A:Dg8 4.24 Br C4' A:Dg8 4.16 Br H1' A:Dg8 3.68 Br H4' A:Dg8 3.89 Br C1' A:Dg8 3.92 Br O4' A:Dg8 3.24 Br C5' A:Dg8 4.94 Br N2 A:Dg2 4.31 Br H21 A:Dg2 3.92 Br H22 A:Dg2 3.89 Br N3 A:Da6 4.11 Br C2 A:Da6 3.62 Br C6 A:Da6 4.44 Br C5 A:Da6 4.86 Br H2 A:Da6 3.59 Br C4 A:Da6 4.66 Br N1 A:Da6 3.79 Br N9 A:Bgm7 2.90 Br H2' A:Bgm7 4.38 Br C8 A:Bgm7 1.88 Br C5 A:Bgm7 3.97 Br C4 A:Bgm7 4.03 Br H1' A:Bgm7 2.84 Br C1' A:Bgm7 3.39 Br N7 A:Bgm7 2.82 Br O4' A:Bgm7 4.37 Br C2' A:Bgm7 4.50 Br BR A:Bgm7 0.00 Br H5' A:Dg8 4.50 Br N9 A:Dg8 4.20 Br N3 A:Dg8 4.03 Br C2 A:Dg8 4.78 Br C4 A:Dg8 4.24 Br C4' A:Dg8 4.16 Br H1' A:Dg8 3.68 Br H4' A:Dg8 3.89 Br C1' A:Dg8 3.92 Br O4' A:Dg8 3.24 Br C5' A:Dg8 4.94 Br N2 A:Dg2 4.31 Br H21 A:Dg2 3.92 Br H22 A:Dg2 3.89 Br N3 A:Da6 4.11 Br C2 A:Da6 3.62 Br C6 A:Da6 4.44 Br C5 A:Da6 4.86 Br H2 A:Da6 3.59 Br C4 A:Da6 4.66 Br N1 A:Da6 3.79 Br N9 A:Bgm7 2.90 Br H2' A:Bgm7 4.38 Br C8 A:Bgm7 1.88 Br C5 A:Bgm7 3.97 Br C4 A:Bgm7 4.03 Br H1' A:Bgm7 2.84 Br C1' A:Bgm7 3.39 Br N7 A:Bgm7 2.82 Br O4' A:Bgm7 4.37 Br C2' A:Bgm7 4.50 Br BR A:Bgm7 0.00 Br H5' A:Dg8 4.50 Br N9 A:Dg8 4.20 Br N3 A:Dg8 4.03 Br C2 A:Dg8 4.78 Br C4 A:Dg8 4.24 Br C4' A:Dg8 4.16 Br H1' A:Dg8 3.68 Br H4' A:Dg8 3.89 Br C1' A:Dg8 3.92 Br O4' A:Dg8 3.24 Br C5' A:Dg8 4.94 Br N2 A:Dg2 4.31 Br H21 A:Dg2 3.92 Br H22 A:Dg2 3.89 Br N9 A:Bgm7 2.90 Br H2' A:Bgm7 4.38 Br C8 A:Bgm7 1.88 Br C5 A:Bgm7 3.97 Br C4 A:Bgm7 4.03 Br H1' A:Bgm7 2.84 Br C1' A:Bgm7 3.39 Br N7 A:Bgm7 2.82 Br O4' A:Bgm7 4.37 Br C2' A:Bgm7 4.50 Br BR A:Bgm7 0.00 Br H5' A:Dg8 4.50 Br N9 A:Dg8 4.20 Br N3 A:Dg8 4.03 Br C2 A:Dg8 4.78 Br C4 A:Dg8 4.24 Br C4' A:Dg8 4.16 Br H1' A:Dg8 3.68 Br H4' A:Dg8 3.89 Br C1' A:Dg8 3.92 Br O4' A:Dg8 3.24 Br C5' A:Dg8 4.94 Br N2 A:Dg2 4.31 Br H21 A:Dg2 3.92 Br H22 A:Dg2 3.89 Br N3 A:Dt4 4.69 Br H72 A:Dt4 4.55 Br H3 A:Dt4 4.87 Br C5 A:Dt4 4.57 Br H71 A:Dt4 4.55 Br C4 A:Dt4 4.23 Br O4 A:Dt4 4.11 Br C7 A:Dt4 4.81 Br N3 A:Da6 4.11 Br C2 A:Da6 3.62 Br C6 A:Da6 4.44 Br C5 A:Da6 4.86 Br H2 A:Da6 3.59 Br C4 A:Da6 4.66 Br N1 A:Da6 3.79 Br N9 A:Bgm7 2.90 Br H2' A:Bgm7 4.38 Br C8 A:Bgm7 1.88 Br C5 A:Bgm7 3.97 Br C4 A:Bgm7 4.03 Br H1' A:Bgm7 2.84 Br C1' A:Bgm7 3.39 Br N7 A:Bgm7 2.82 Br O4' A:Bgm7 4.37 Br C2' A:Bgm7 4.50 Br BR A:Bgm7 0.00 Br H5' A:Dg8 4.50 Br N9 A:Dg8 4.20 Br N3 A:Dg8 4.03 Br C2 A:Dg8 4.78 Br C4 A:Dg8 4.24 Br C4' A:Dg8 4.16 Br H1' A:Dg8 3.68 Br H4' A:Dg8 3.89 Br C1' A:Dg8 3.92 Br O4' A:Dg8 3.24 Br C5' A:Dg8 4.94 Br N2 A:Dg2 4.31 Br H21 A:Dg2 3.92 Br H22 A:Dg2 3.89 Br N3 A:Da6 4.11 Br C2 A:Da6 3.62 Br C6 A:Da6 4.44 Br C5 A:Da6 4.86 Br H2 A:Da6 3.59 Br C4 A:Da6 4.66 Br N1 A:Da6 3.79 Br N9 A:Bgm7 2.90 Br H2' A:Bgm7 4.38 Br C8 A:Bgm7 1.88 Br C5 A:Bgm7 3.97 Br C4 A:Bgm7 4.03 Br H1' A:Bgm7 2.84 Br C1' A:Bgm7 3.39 Br N7 A:Bgm7 2.82 Br O4' A:Bgm7 4.37 Br C2' A:Bgm7 4.50 Br BR A:Bgm7 0.00 Br H5' A:Dg8 4.50 Br N9 A:Dg8 4.20 Br N3 A:Dg8 4.03 Br C2 A:Dg8 4.78 Br C4 A:Dg8 4.24 Br C4' A:Dg8 4.16 Br H1' A:Dg8 3.68 Br H4' A:Dg8 3.89 Br C1' A:Dg8 3.92 Br O4' A:Dg8 3.24 Br C5' A:Dg8 4.94 Br N2 A:Dg2 4.31 Br H21 A:Dg2 3.92 Br H22 A:Dg2 3.89 Br N3 A:Da6 4.11 Br C2 A:Da6 3.62 Br C6 A:Da6 4.44 Br C5 A:Da6 4.86 Br H2 A:Da6 3.59 Br C4 A:Da6 4.66 Br N1 A:Da6 3.79 Br N9 A:Bgm7 2.90 Br H2' A:Bgm7 4.38 Br C8 A:Bgm7 1.88 Br C5 A:Bgm7 3.97 Br C4 A:Bgm7 4.03 Br H1' A:Bgm7 2.84 Br C1' A:Bgm7 3.39 Br N7 A:Bgm7 2.82 Br O4' A:Bgm7 4.37 Br C2' A:Bgm7 4.50 Br BR A:Bgm7 0.00 Br H5' A:Dg8 4.50 Br N9 A:Dg8 4.20 Br N3 A:Dg8 4.03 Br C2 A:Dg8 4.78 Br C4 A:Dg8 4.24 Br C4' A:Dg8 4.16 Br H1' A:Dg8 3.68 Br H4' A:Dg8 3.89 Br C1' A:Dg8 3.92 Br O4' A:Dg8 3.24 Br C5' A:Dg8 4.94 Br N2 A:Dg2 4.31 Br H21 A:Dg2 3.92 Br H22 A:Dg2 3.89 Br N3 A:Dt4 4.69 Br H72 A:Dt4 4.55 Br H3 A:Dt4 4.87 Br C5 A:Dt4 4.57 Br H71 A:Dt4 4.55 Br C4 A:Dt4 4.23 Br O4 A:Dt4 4.11 Br C7 A:Dt4 4.81 Br N3 A:Da6 4.11 Br C2 A:Da6 3.62 Br C6 A:Da6 4.44 Br C5 A:Da6 4.86 Br H2 A:Da6 3.59 Br C4 A:Da6 4.66 Br N1 A:Da6 3.79 Br N9 A:Bgm7 2.90 Br H2' A:Bgm7 4.38 Br C8 A:Bgm7 1.88 Br C5 A:Bgm7 3.97 Br C4 A:Bgm7 4.03 Br H1' A:Bgm7 2.84 Br C1' A:Bgm7 3.39 Br N7 A:Bgm7 2.82 Br O4' A:Bgm7 4.37 Br C2' A:Bgm7 4.50 Br BR A:Bgm7 0.00 Br H5' A:Dg8 4.50 Br N9 A:Dg8 4.20 Br N3 A:Dg8 4.03 Br C2 A:Dg8 4.78 Br C4 A:Dg8 4.24 Br C4' A:Dg8 4.16 Br H1' A:Dg8 3.68 Br H4' A:Dg8 3.89 Br C1' A:Dg8 3.92 Br O4' A:Dg8 3.24 Br C5' A:Dg8 4.94 Br N2 A:Dg2 4.31 Br H21 A:Dg2 3.92 Br H22 A:Dg2 3.89 Br N3 A:Da6 4.11 Br C2 A:Da6 3.62 Br C6 A:Da6 4.44 Br C5 A:Da6 4.86 Br H2 A:Da6 3.59 Br C4 A:Da6 4.66 Br N1 A:Da6 3.79 Br N9 A:Bgm7 2.90 Br H2' A:Bgm7 4.38 Br C8 A:Bgm7 1.88 Br C5 A:Bgm7 3.97 Br C4 A:Bgm7 4.03 Br H1' A:Bgm7 2.84 Br C1' A:Bgm7 3.39 Br N7 A:Bgm7 2.82 Br O4' A:Bgm7 4.37 Br C2' A:Bgm7 4.50 Br BR A:Bgm7 0.00 Br H5' A:Dg8 4.50 Br N9 A:Dg8 4.20 Br N3 A:Dg8 4.03 Br C2 A:Dg8 4.78 Br C4 A:Dg8 4.24 Br C4' A:Dg8 4.16 Br H1' A:Dg8 3.68 Br H4' A:Dg8 3.89 Br C1' A:Dg8 3.92 Br O4' A:Dg8 3.24 Br C5' A:Dg8 4.94 Br N2 A:Dg2 4.31 Br H21 A:Dg2 3.92 Br H22 A:Dg2 3.89 Br N3 A:Da6 4.11 Br C2 A:Da6 3.62 Br C6 A:Da6 4.44 Br C5 A:Da6 4.86 Br H2 A:Da6 3.59 Br C4 A:Da6 4.66 Br N1 A:Da6 3.79 Br N9 A:Bgm7 2.90 Br H2' A:Bgm7 4.38 Br C8 A:Bgm7 1.88 Br C5 A:Bgm7 3.97 Br C4 A:Bgm7 4.03 Br H1' A:Bgm7 2.84 Br C1' A:Bgm7 3.39 Br N7 A:Bgm7 2.82 Br O4' A:Bgm7 4.37 Br C2' A:Bgm7 4.50 Br BR A:Bgm7 0.00 Br H5' A:Dg8 4.50 Br N9 A:Dg8 4.20 Br N3 A:Dg8 4.03 Br C2 A:Dg8 4.78 Br C4 A:Dg8 4.24 Br C4' A:Dg8 4.16 Br H1' A:Dg8 3.68 Br H4' A:Dg8 3.89 Br C1' A:Dg8 3.92 Br O4' A:Dg8 3.24 Br C5' A:Dg8 4.94 interactive model: